28سليمان بن عبدالملك ويران شده بود.
در رمضان سال 886 ه . (1481 م) صاعقهاى رخ داد، آتشسوزى گستردهاى پديد آمد و منارۀ جنوبشرقى مسجد فرو ريخت و همۀ فضاى مسجد و هرچه در آن بود سوخت؛ در نتيجه، سلطان قايتباى فرمان بازسازى كامل مسجد را صادر كرد و طى آن، دو گنبد به مسجد افزوده شد؛ يكى بر فراز محراب عثمانى و ديگرى بالاى حجرۀ مطهّر پيامبر صلى الله عليه و آله كه هر دو بر ستونهايى تا كف مسجد استوار بودند و طاقهايى آجرى داشتند.
محراب عثمانى به بهترين شكل زيباسازى گرديد، حجرۀ مطهّر و اطراف آن، نيز نماى ديوار قبله، بار ديگر با سنگ مرمر آراسته شد و سرانجام در رمضان سال 888 ه . (1483 م) عمليات ساختمانى به پايان رسيد.
براى بازسازى مسجد ومدرسه وديگر متعلّقات آن، در اين مرحله، بيش از يكصدوبيست هزاردينار هزينه شد. افزودههاى سلطان قايتباى به فضاى مسجد را حدود يكصد و بيست مترمربّع شمردهاند. از نشانههاى نمايان اين بازسازى، برپا ساختن 305 ستون بود كه در مسجد به چشم مىآمد.
مسجد در عصر عثمانى
كارهاى ساختمانى شاه سليمان قانونى در مسجد نبوى، مهمترين عمليات توسعه در سرآغاز عصر عثمانى است. در اين طرح، براى تقويت پايهها، دو ستون در دو سوى بابالرحمه و بابالنساء برپا شد، پس از ويران كردن منارۀ سنجارى در شمال شرقى مسجد، منارۀ سليمانى جايگزين آن گرديد، نماى ديوارها و ستونها سفيدكارى، و نام شاه سليمان بر سقف كنار ديوار غربى و بابالرحمه و بابالنساء نقش بست، مرمر روضۀ منوّره و نماى ازارۀ ديوار حجرۀ شريفه پيامبر صلى الله عليه و آله بازسازى