29ديوار شامى كعبه فروريخت و بخش‌هايى از ديوارهاى شرقى و غربى خراب شد. وقتى دومين سيل هم جريان يافت و آسيب ديوار غربى را افزون‌تر كرد، تصميم بر آن شد كه باقيماندۀ ساختمان كعبه را ويران سازند و آن را بر پايه‌هاى بناى آغازين آن در عهد ابراهيم، نوسازى كنند و اين مهم در عصر سلطان مراد، به سال 1039 ه . (1629 م) سامان يافت. پس از بازسازى، ستون‌هاى درون كعبه روكش طلا شد و سلطان سليمان درى سيمين به كعبه اهدا كرد كه آن را در جاى خود كارگذاشتند و كعبه را با دو پارچۀ قرمز و سياه پوشاندند.
گنبدهايى كه در سقف شبستانهاى مسجد ساختند، مهمترين افزودۀ عثمانيان بود. اين گنبدها از داخل با آرايه‌هاى زرّين و خوشنويسى‌هاى استوار تزيين شد. زمين پيرامون كعبه نيز با مرمر رنگين مفروش گرديد و منارۀ مدرسۀ سلطان سليمان به گلدسته‌هاى ششگانۀ پيشين افزوده شد و شمار مناره‌ها به هفت رسيد.
دورۀ سعودى
با افزايش روزافزون شمار حاجيان و زائران خانۀ خدا، نياز به توسعۀ مسجد امرى ضرورى و بايسته مى‌نمود؛ از اين‌رو، به سال 1375 ه .
(1955 م) و در دورۀ حكومت سعودى، نوسازى ديگرى، در چند مرحله آغاز شد. اين طرح شامل توسعۀ مسعىٰ (محل سعى صفا و مروه) و بخش جنوبى مسجدالحرام بود.
در مرحلۀ اوّل 1377 - 1378 ه . (1957 - 1958 م) با آغاز عمليات توسعه، گذرگاه عمومى كه از محلّ سعى مى‌گذشت بسته شد و پس از خاكبردارى و زيرسازى، راهرو جديدى در دو طبقه احداث گرديد، كه