420پس از وقوع اين جنايت، امام را به خانه برده و ابن ملجم را دستگير كردند. امام(ع) فرمود: «اگر من مُردم، او را قصاص كنيد: با همين شمشير و با يك ضربت. ولى اگر زنده ماندم، خودم درباره او تصميم مى‌گيرم».
امام على(ع) تا سه روز بعد از آن ضربت زنده ماند. امّا حال آن حضرت هر روز بيشتر رو به وخامت مى‌نهاد، تا اينكه شب بيست و يكم فرا رسيد. آن حضرت آخرين وصاياى خود را با فرزندان خويش(عليهم السلام) در ميان نهاد. آن‌گاه با آنان وداع كرد و در كمال آرامش و اطمينان، به سوى لقاء الله شتافت و عالمى را تا ابد داغدار كرد.
فرزندان آن حضرت، حسنين(عليهما السلام) و محمد بن حنفيه، دست به دست هم داده و پدر را با باقيمانده حنوط رسول خدا(ص) غسل و تكفين كردند. سپس امام حسن(ع) بر جنازه پدر بزرگوار خود نماز گزارد و آن‌گاه از بيم جسارت يا اهانت خوارج و بنى‌اميه، جسد مطهر آن حضرت را مخفيانه پشت كوفه دفن كردند و محل آرامگاه ايشان تا دوران امام رضا(ع) مخفى بود. 1
ابومخنف گفته است: ام الهيثم، دختر اسود نخعى، براى اميرالمؤمنين على(ع) چنين مرثيه گفت:
أَلَا يَا عَيْنُ وَيْحَكِ فَاسْعَدِينَا
أَلَا تَبْكِى اميرالمؤمنينا
واى بر تو اى چشم! مرا يارى كن، آيا بر اميرالمؤمنين اشك نمى‌افشانى؟
و كنا قبل مقتله بخير
نرى مولا رسول الله فينا
ما در عهد او روزگار خوشى داشتيم؛ زيرا دوست رسول الله را ميان خود مى‌ديديم.
يقيم الدين لا يرتاب فيه
و يقضي بالفرائض مستبينا
احكام دين را مؤمنانه بر پا مى‌داشت و در مسائل شرع قاطعانه حكومت مى‌كرد.
و يدعو للجماعة من عصاه
و ينهك قطع ايدي السارقينا
گردنكشان را به سوى مقررات اجتماع فرا مى‌خواند و دست دزدان را از مال مردم مى‌بريد.