39درباره حكومت او بر مكه، بين مورخان اختلاف است و گزارشات ضد و نقيضى رسيده. 1 ابن‌حزم، غلبه او بر مكه را در روزگار اخشيديان مى‌داند. 2 برخى ديگر استيلاى جعفر بر مكه را پس از مرگ كافور و سال 355ه.ق ذكر كرده و معتقدند هنگامى كه جوهر صقلى در 358ه .ق به مصر برگشت، انكجور، امير مكه شد و تا سال 366ه.ق در قيد حيات بود. 3
طبق گزارش فأسى، عزيزبن معز عبيدى سال 365ه.ق، اميرى علوى را به مكه فرستاد. امير علوى و عده‌اى كه همراه او بودند، وارد مكه شدند و بر اهالى‌اش سخت گرفتند تا قيمت اجناس بالا رفت و سپس براى خليفه فاطمى معز در حرمين دعا خواند. او مانع حج اهالى عراق و مشرق به‌سبب جوّ ناآرام آن مناطق شد و سرانجام جعفربن محمد با مردم حج گزارد. 4 همين گزارش درباره سال 366ه.ق نيز آمده؛ اما امير آن، عيسى‌بن جعفر ذكر شده است. 5
از مجموع گزارشات فهميده مى‌شود كه استيلاى جعفر بر مكه به كمك فاطميون بوده يا اينكه گفت‌وگوهايى بين آنان در جريان بوده تا اينكه منجر به تصرف مكه به دست جعفر بن محمدحسنى شده است.
فرزندان
سيد جعفر نقيب حسنى، سه فرزند به اسامى عبدالله قود، عيسى الامير