38بار ابوالحسن عمرى نسابه، ذيل نام نواده او از نقابت و امارتش بر مكه خبر داده، مى‌نويسد: «الامير ابي الحسن نقيب مكه جعفربن الأمير ابي جعفر محمد». 1 عبيدلى نسابه و ابوطالب مروزى نسابه نيز با عنوان «جعفر الامير بمكه» از او ياد كرده‌اند. 2
ابن‌عنبه او را اولين حاكم مكه از خاندان موسى الجون حسنى بر مى‌شمرد؛ درحالى‌كه پدر و جدش قبل از او اميران اين شهر بودند. او امارت جعفر را از سال 340ه.ق به بعد و به مدت 25 سال دانسته است و مى‌نويسد:
سيد جعفر با حاكم مكه به نام انكجور ترك كه نماينده عزيز بالله فاطمى بود، جنگيد و سرانجام او را كشت. در اين جنگ، جمعى از طلحيه، هذيليه و بكريه نيز كشته شدند تا بر تمام نواحى مكه استيلا يافت. 3
سيد ضامن‌بن شدقم حسينى مى‌نويسد:
سيد جعفر سال 340ه.ق پس از نبرد با انكجور و شكست او وارد مكه شد و بر منبر شريف، خطبه خواند. او سپس فرزندش عبدالله را نزد عزيز بالله فرستاد و براى قتل انكجور عذر خواهى كرد و هدايايى را نيز براى حاكم مصر فرستاد تا موقعيت خود را تثبيت كند. برخى، امارت او بر مكه را تا سال 356، 357 يا 358ه.ق و در زمان عبيدلى نسابه و بعد از مرگ كافور اخشيد دانسته، معتقدند جعفر براى اخشيديان خطبه مى‌خواند و از آنان پيروى مى‌كرد. 4