55احمد بن محمد بن سعيد به سندش از محمد بن جعفر روايت مىكند كه محمد را در مرو مسموم ساختند و در همانجا از دنيا رفت. او بر اثر زهرى كه خورده بود، تمامى جگرش به تدريج دفع شد. 1
بلاذرى، مرگ او را پس از مدتى كوتاه و به صورت طبيعى ذكر مىكند. 2 ولى در منابع ديگر نوشته شده است، هنگامى كه او را نزد مأمون بردند، او به محمد گفت: «كيف رأيت صنع الله بابن عمك؟»؛ «كار پسر عمت را چگونه ديدى؟».
محمد در جواب اين دو بيت را خواند:
رايت امين الله في العفو و الحلم
معتقدم كه امين الله (مأمون) داراى عفو و حلم است و جرم بزرگ من در نزد او بسيار كوچك است.
از ناآگاهى من صرف نظر كن و بيماريش را با عفوى كه از دلم غبار بيمارى را زدايد، درمان كن.
مأمون او را در سال 202 ه .ق، در حالى كه بيش از بيست سال نداشت، مسموم كرد و به شهادت رساند. گويند كه او به