208 دو مكان را به يك ساختمان تبديل كرد. سپس در طبقه همكف و اول مدرسه، اتاق‌هايى براى كلاس درس ساخت و آن را به يك مدرسه ابتدايى به نام «مدرسه نجات» تبديل نمود. ¹

به نوشته «راغب طباخ حلبى»، در سمت راست (بخش غربى) شبستان مدرسه، قبر بانى آن، يعنى اتابك طغرل، وجود داشته است. اما در سال 1286ه .ق، مردى كه خود را از اهالى مكه با نسب قريشى مى‌دانست، در اين مدرسه و خانقاه سكونت گزيد و كتيبه موجود بر سردر خانقاه را از بين برد و به‌جاى آن، كتيبه ديگرى قرار داد. اين كتيبه جديد، به‌طور خلاصه بيانگر آن بود كه اين بنا به اشاره شيخ محمد بن احمد مكى قرشى از خلفاى شيخ محمد جان نقشبندى، بازسازى شده است. اين مورخ حلب تأكيد كرده است كه اين مرد، از اهالى «مرعش» ² بوده كه اندكى پيش از تاريخ مذكور به حلب مى‌آيد و از آنجا به مكه مى‌رود و مدت كمى در آنجا مى‌ماند. سپس با لباس اهل مكه و عمامه بر سر، به حلب باز مى‌گردد و ادعا مى‌كند كه از اهل مكه و قريشى است. راغب طباخ در ادامه افزوده است كه وى، در سال 1302ه .ق درِ ورودى شبستان مدرسه را بازسازى كرد و بر ديوار آن نوشت: «اينجا قبر على الجواد فرزند امام باقر(رضى الله عنه) است». اما قبر موجود در شبستان مدرسه، در واقع قبر واقف مدرسه است. ³

گفتنى است هيچ‌يك از مورخان و علماى انساب ننوشته‌اند كه على بن امام محمد باقر(ع) ملقب به «جواد» بوده است. ابن طقطقى درباره وى نوشته است كه او را دخترى به نام فاطمه بود كه به ازدواج امام موسى كاظم(ع) درآمد و در ادامه، محل قبر على بن امام محمد باقر(ع) را روستاى «جعفريه» از توابع بغداد، بيرون از باروى شهر، تعيين كرده است. او از تاريخ ابن نجار، حادثه پيدايش قبر او را در جعفريه نقل كرده