202 ديگرى در جنوب مشهد بنا شد كه نام آقسنقر را بر سردر آن نوشتند. همچنين ديوار جنوبى مشهد كه فرو ريخته بود، بازسازى، و اوقافى نيز براى مشهد در نظر گرفته شد. 1
صليبيان در سال 518 ه .ق، شهر حلب را محاصره كردند. آنها قبر محسن را نبش كردند. اما چون چيزى نيافتند، آن را آتش زدند. در پى اين حادثه، به دستور ابوالفضل ابن خشّاب، قاضى شيعه حلب، كه در آن زمان متولى اداره اين شهر بود، چند كليسا را در اين شهر به مسجد تبديل كردند. 2
در نيمه قرن ششم هجرى، به دستور سلطان نورالدين محمود بن زنگى، حوض آب و وضوخانهاى در صحن مشهد ايجاد شد. در دوره ايوبى، صفىالدين طارق بن على بن محمد بالسى، معروف به «ابن طريره»، رئيس حلب، سردر مشهد را كه از دوره سيفالدوله بود، خراب نمود و سردر جديد و مرتفعى براى مشهد بنا كرد. در سال 613ه .ق، برادرزاده وى، ولىالدين ابوالقاسم بن على از دنيا رفت و او را كنار آبانبار جنوبى دفن كردند. سپس سردر آبانبار را تخريب و بازسازى كردند و نام ابن طريره را بر آن نوشتند. در همين دوره، ديوار جنوبى مشهد فروريخت و به دستور ملك الظاهر غازى (582-615ه .ق)، فرزند صلاحالدين ايوبي، بازسازى شد. ديوار شمالى بنا نيز كه فرو ريخته بود، در دوره ملك الناصر يوسف ايوبى (634-658ه .ق) فرزند ملك العزيز محمد بن ملك الظاهر غازى، بازسازى شد.
مغولان پس از اشغال حلب در سال 658ه .ق، فرشها، ظروف نقره و اشياى گرانبهاى موجود در مشهد را غارت، و ساختمان آنجا و نيز قبر محسن را تخريب كردند. پس از شكست مغولان و سلطه مماليك بر بلاد شام، به دستور ملك الظاهر بيبَرس (658 - 676ه .ق)، پادشاه مقتدر مملوكى، مشهد بازسازى شد و براى آن متولى،