74فعاليتهاى سياسى، فعاليتهاى نظامى نيز داشت و افزون بر تشكيل و انسجام بسيج مجلس اعلا در اوايل جنگ تحميلى، بازوى نظامى به نام «سپاه بدر» را تدارك ديد كه در جنگ عراق و ايران در عملياتهاى مختلفى شركت داشتند و ضربههاى گستردهاى را بر ارتش عراق وارد كردند. در اين مرحله، نام «مجلس اعلاى انقلاب اسلامى»، با حذف واژه انقلاب به «مجلس اعلاى اسلامى» تغيير كرد.
مجلس اعلا، روزنامه «الشهاده» را به زبانهاى عربى و كردى منتشر مىكرد. ضمن اينكه دفتر مجلس اعلا با انتشار روزنامه «لواءالصدر»، ديدگاههاى رئيس مجلس اعلا و سازمان را منعكس مىكرد. اين مجلس در روند فعاليتهاى خود، فراز و نشيبهايى داشته است؛ بهگونهاى كه گاهى با اقتدار، و گاهى ضعيف بوده است؛ تا جايىكه امروزه انديشمندان و ناظران صحنه عراق، با توجه به شرايط پيچيده معارضان عراقى و فرايند دولتسازى در عراق و همچنين مسائل كنونى بينالمللى، تحول در ساختار مجلس اعلا را ضرورتى اجتنابناپذير مىدانند.
مهمترين محور فعاليت مجلس اعلا در شكلگيرى ساختار دولت آينده عراق، كمك به فروپاشى نظام حكومتى سنىمحور و تشكيل نظام سياسى شيعىمحور است. با اين حال، بهدنبال رفع نگرانى دولتهاى عربى در زمينه نقش و جايگاه شيعيان در دولت بعدى عراق است. 1
خطمشى اساسى فعاليتهاى اين مجلس، سياسى، فرهنگى و عقيدتى است. البته تا زمان سقوط رژيم بعث، بر حركتهاى شبهنظامى نيز تأكيد