115خويى، برجستهترين مرجع شيعه، در سن 90 سالگى برخلاف اينكه هرگز فعاليت سياسى نداشت، مورد بازجويى قرار گرفت و در منزل خود بازداشت شد. پسر وى، محمدتقى خويى، در سال 1994م، و دو روحانى عالىرتبه، يعنى غروى و بروجردى، در سال 1998م ترور شدند. افزون بر اين، رژيم به اقدامات پيشگيرانه شديدى عليه شيعيان مظنون به دشمنى با حكومت دستزد و خانوادههاى شيعى را مجبور به ترك بغداد كرد؛ زيرا حضورشان را در آنجا خطرساز مىدانست.
در سال 1992م براى از بينبردن پناهگاه سربازان فرارى و مخالفان، طرح «عمليات در باتلاقها» را اجرا كرد. در واقع رژيم براى خالىكردن منطقه از ساكنان، با خشككردن باتلاقها، آن مناطق را از لحاظ اقتصادى و زيستمحيطى نابود كرد. نزديك به پانصد هزار شيعه ساكن در مردابها، ناگزير به ايران يا بخشهاى ديگر عراق پناهنده شدند. بسيارى نيز به دست نيروهاى حكومتى كشته شدند. آسيبهاى محيطى، منطقه را غيرقابل سكونت كرد. در نوزدهم فوريه سال 1999م، افرادى مسلّح كه مسلّم است مأمور رژيم بودهاند، روحانى محبوب، محمدصادق صدر و دو پسرش را در نجف ترور [شهيد] كردند. واكنش جامعه شيعى، گسترده، شديد و مداوم بود و باعث شد تا سطح خشونت بين شيعيان و رژيم افزايش يابد. 1
در اين مقاطع، تبعيض عليه شيعيان در تمامى جنبهها وجود داشت. به جز عرصه سياسى، در ديگر عرصههاى زندگى نيز شيعيان زير فشار