61به موازات كشمكشهايى كه ميان خانواده تيمور صورت گرفت، دو دسته از تركمانان نيز از اطاعت جانشينان تيمور سرپيچى كردند و براى خود حكومتى مستقل تشكيل دادند. بدينگونه ايران به دو بخش، يكى شرقى و تحت تسلط تيموريان و ديگرى غربى و در اختيار تركمانان، تقسيم شد.
دو تيره تركمانان نيز به موازات هم و در رقابت با هم رشد كردند. قراقويونلوها پيش از آققويونلوها به قدرت رسيدند، اما دوران قدرت آنها كوتاهتر از آققويونلوها بود.
«اوزون حسن» مقتدرترين شاه آققويونلو، پس از شكست دادن سلطان ابوسعيد، قصد تصرف خراسان را داشت. اما چون شاهزادگان تيمورى مانع اين امر بودند، او «يادگار محمد ميرزا» شاهزاده تيمورى را علم كرد، سپاه او را تجهيز نمود، به خراسان فرستاد و حكم فرمان حكومت نيز به او داد. در اين زمان «سلطان حسين بايقرا» كه پس از مرگ ابوسعيد، در سال 873 ه.ق هرات را به تصرف درآورده بود، گرچه توانست لشكر يادگارمحمد ميرزا را در چناران درهم شكند، اما در نهايت مجبور شد هرات را تخليه كند. بااينحال، بر اثر عياشى زياد يادگارمحمد ميرزا و ظلم بىحساب تركمانان، مردم از اين شاهزاده نفرت داشتند و همين امر سبب شد كه سلطان حسين، يك شب، بهطور ناگهانى و به اتفاق اميرعليشير، خود را به هرات رساند و بدون اين كه كسى مزاحم او شود، يادگارمحمد را ميان بساط عشرت بكشد و هرات را در سال 877 ه.ق تصرف كند. 1
سلطان حسين، حدود 38 سال سلطنت كرد و در سالهاى آخر عمر، درحالىكه بيمار بود، مجبور بود از يك طرف به شورشهاى بىپايان پسران متعدد خود خاتمه دهد و از طرف ديگر، با «شيبكخان ازبك» درافتد. سلطان حسين در سال 911 ه.ق