40هستى‌شناختى، معرفت‌شناختى و دين‌شناختى استوار است كه رهيافت جامع‌نگر و تكثر روش‌شناختى را در روش‌شناسى به‌همراه دارد. تفصيل همه آن مبانى از ديدگاه مقام‌معظم رهبرى خارج از حوصله اين نوشتار است اما به جهت ضرورت به بخش‌هايى از آنها در ادامه اشاره خواهد شد.
ذومراتب بودن هستى
در اين روش، عالم واقع به موجودات مادى تقليل داده نمى‌شود. بلكه براى عالم، مراتب مختلفى ترسيم مى‌شود؛ مراتبى كه پايين‌ترين آن عالم مادى است. بنابراين در اين نگاه، هم به عالم مادى توجه مى‌شود و هم به لايه‌هاى عميق‌ترى از هستى. در تعاليم دينى از آن لايه‌هاى عميق‌غير مادى، تعبير به غيب شده است. مقام معظم رهبرى در اين‌باره مى‌فرمايد:
ماوراى آنچه كه در محدوده حواس ظاهرى و ادراك مادى انسان هست، عالم ديگرى، آن هم نه يك عالم بلبشوىِ هركس هركسىِ تصادفىِ بخت و اقبالى، بلكه عالمِ منظمِ علت و معلولىِ دقيقى وجود دارد؛ يعنى ماوراى اين عالم مُلك، ملكوت و عالم معنايى هست. (1369/6/29)
تنوع ابزار معرفت
براساس نظام هستى‌شناسانه طولى داراى مراتب، معرفت‌شناسى مستقلى شكل مى‌گيرد. معرفت شناسى‌اى كه بر پايه واقع گرايى استوار است و البته محدود به واقعيت مادى صرف نيست، بلكه هم به عالم محسوس و هم به عالم غيب توجه دارد و آن را داراى واقعيت مى‌داند و علم به آن را حقيقت مى‌شمارد، همچنان‌كه علم به عالم محسوس را حقيقت مى‌داند. بنابراين حس، عقل و شهود از ارزش معرفت‌بخشى برخوردارند و مى‌توانند انسان را به واقعيت برسانند. چنان‌كه عالم هستى از لايه‌هاى مختلف و تنوع وجودى برخوردار است، ابزار معرفتى انسان از تنوع و لايه‌هاى مختلفى برخوردار است متناظر با عالم هستى.