17در سن 17 سالگى با دخترعموى خود ازدواج نمود و سپس روانه حوزه علميه نجف اشرف گرديد و طى 15 سال اقامت در آن مركز بزرگ علمى و بهره‌مندى از جلسه‌هاى درس عالمان بزرگوارى همچون: آخوند ملاكاظم خراسانى، سيد محمدكاظم يزدى، شيخ الشريعه اصفهانى، شيخ محمد طه نجف، سيد اسماعيل صدر، شيخ حسين كربلايى و سيدحسين صدر، در سن 32 سالگى به مقام عالى استنباط و اجتهاد رسيد.
موقعيت علمى و عظمت سيد شرف‌الدين، چنان اوج و اعتلايى يافته بود كه منطقه حساس «جبل عامل» را نيازمند خود مى‌دانست، بدين لحاظ وى ضمن يك استقبال پرشكوه و كم‌نظيرى به آن سامان شتافت و به رهبرى آن مردم پرداخت و در سال‌هاى 1918-1923 كه كشور لبنان شاهد تاخت و تاز استعمار انگليس و فرانسه بود، سيد شرف‌الدين، مرد علم و عمل در برابر بيگانگان به پا خاست و ضمن تشكيل هيئت علماى لبنان، مبارزۀ خويش را ضد دولت استعمار فرانسه آغاز نمود. تا جايى كه حكم اعدام ايشان را صادر كردند و به خانه وى ريختند و كتابخانه او را به آتش كشيدند و بسيارى از نوشته‌ها و آثار تأليفى او را كه محصول مطالعه و رنج و سختى‌هاى سال‌هاى عمر او بود، سوزاندند!
سيد شرف‌الدين در آن اوضاع بحرانى به ناچار سنگر مبارزه خود را تغيير داد و تا سال‌هاى 1938م، در سوريه، فلسطين و مصر، به مبارزه بى‌امان خود با استعمار فرانسه و انگليس ادامه داد.
او سرانجام پس از سال‌ها تلاش و مبارزه، در روز دهم جمادى‌الثانى 1377ه .ق، در يكى از بيمارستان‌هاى بيروت، به رحمت الهى پيوست. جنازه ايشان ضمن تشييع و عبور از شهرهاى كاظمين و كربلا، به نجف انتقال يافت و در جوار امير مؤمنان(ع) به خاك سپرده شد. رضوان خدا بر او باد.