244اين مدت، هنوز علويانِ حسنى در مدينه قدرت داشتند و بخشى از اداره سياسى اين شهر در اختيار آنها بود. در كنار آن، شهر مكه، همچنان در اختيار شرفا، يعنى سادات حسينى بود كه بر تمامى حجاز حكمرانى داشتند و البته وابسته به دولت عثمانى بودند.
آنچه قابل يادآورى است اين است كه علويان حاكم در اين دو شهر، گاه بر تسنن و گاه بر تشيع خود تأكيد داشتند. اين نيز ممكن بود كه برخى از خاندان‌هاى علوى به تشيع و برخى به تسنن گرايش داشته باشند. به هر روى، به دليل وابستگى به دولت عثمانى، و وجود اكثريت سنى شهر و نيز حُجّاج ساير كشورها، حتى كسانى كه شيعه بودند، در بسيارى از موارد مجبور به تقيّه بودند. در تمام دوره صفوى، شمار زيادى از علماى شيعه عرب و ايرانى در مدينه و مكه زندگى مى‌كردند.
در چنين دورانى، بايد اشاره به وضعيت حجاج ايرانى در حرمين و به طور خاص در مدينه كرد كه هميشه با سختى و مشقت همراه بوده و از سوى سنيان مدينه تحقير و آزار مى‌شدند و براى انجام اعمال خود، مشكل داشته‌اند. يك ايرانى زائر كه در سال 1296 به مدينه سفر كرده در اين باره مى‌نويسد:
«آنچه خانه زاد در خاك حجاز ديد، اين است كه مردم «عجم»، نمى‌دانم از چه بابت در انظار مردم آنجا، مغضوب و حقير و خفيف‌اند ... خاصه در مدينه كه خون و مال عجم را حلال و مباح مى‌دانند و به هر قسم بتوانند در صدمه حجاج كوتاهى نمى‌كنند.» 1
وى ادامه مى‌دهد: