11 مرحوم محمد زاهد كوثرى در برابر اين جريان از اسلام دفاع مى‌كرد. به همين دليل او را از سمت خود بركنار كردند و حكم به اعدام وى دادند. در نتيجه وى اين سرزمين را ترك كرد و بستگان و دارايى خود را رها كرد. در آن زمان حقوق ايشان ماهيانه 75 جنيه طلا بود.
وى در سال 1341 وارد مصر شد، اما كمتر از يك سال در آنجا ماند و از اين ديار به سرزمينى كه پدر ما ابراهيم(ع) به آن كوچ كرده بود(شام) هجرت كرد.
مرحوم كوثرى بار ديگر به مصر بازگشت و اين بار در قاهره سكنا گزيد؛ اما دوباره به شام سفر كرد و نزديك يك سال در آنجا ماند تا در اين مدت بتواند از نسخه‌هاى خطى كتابخانه «ظاهريه» و ديگر منابع بهره ببرد. پس از اين دوره كوتاه اقامت در شام، به مصر بازگشت و تا پايان عمر در اين كشور زيست. وى در نوزدهم ذيقعده سال 1371 در سن هفتاد و پنج سالگى، در حالى‌كه هنوز از حواس پنج‌گانه و عقل و هوشيارى كامل برخوردار بود، جان به جان‌آفرين تسليم كرد.
محمد زاهد كوثرى از زبان برخى معاصرانش
شيخ محمد ابوزهره مى‌گويد: من در سال‌هاى اخير جز امام كوثرى دانشمندى نمى‌شناسم كه با مرگ او، جاى خالى‌اش پر نشود. ايشان ذخيره پيشينيان صالح و شايسته‌اى بود كه علم را مايه كسب روزى و ابزارى براى رسيدن به هدف قرار ندادند؛ بلكه دانش، هدف نهايى و بلندترين افق اين دانشمندان بوده است؛ چراكه براى مؤمن هدفي فراتر از