301تأويل كتاب خدا كنند، به سحب عقل خود در اين موارد، خود تأويل اين همه آيات صريحه و احاديث صحيحه كنند، به مجرد آن‌كه نطق موجودات را نيافته‌اند؛ با آن‌كه برهانى در دست ندارند پس تأويل قرآن را بى‌برهان و به مجرد استبعاد كنند». ¹در طول تاريخ نيز افرادى بوده‌اند كه از تأويل قرآن سوءاستفاده كرده و تأويلات غلط و نادرستى را به قرآن كريم نسبت داده‌اند. ² امام خمينى در اين عبارت به منشأ اشتباه آنان اشاره كرده كه هركس به عمق فلسفه پى نبرده باشد يا تنها اهل ظاهر و حس باشد و يا در تأويلات خود از برهان و استدلال دورى كند گرفتار تأويلات غلط و گمراهانه و هواپرستانه مى‌گردد بنابراين تأويل كنندۀ قرآن بايد اهل «فلسفه عاليه» و نه «فلسفه عاميه» بوده و با برهان و دل و معرفت و مشاهده به تأويل قرآن برسد.

روش امام خمينى در تأويل قرآن بر يك اصل استوار قرار دارد و آن تطابق بين كتاب تدوين و كتاب تكوين و كتاب انفس است. اگر جان انسان را كتابى از كتابهاى الهى و جهان خارج را نيز كتاب تكوينى و قرآن كريم را كتاب تدوينى الهى بدانيم، همانگونه كه از آيات شريفه قرآن و روايات و ادب فارسى به خوبى به‌دست آيد، در اين صورت تأويل قرآن به معناى بيان تطابق كتاب تدوين با كتاب تكوين است. همانگونه كه سيدحيدر آملى نيز به آن تصريح كرده است. ³به هرحال تأويل قرآن اگر صحيح و همراه با برهان بوده و با معارف قرآن هماهنگ باشد مى‌تواند به آن هدف اصلى كه هدايت است منتهى شود و ارتباط بين آيات شريفه را برقرار كند؛ به عنوان مثال وقتى مى‌فرمايد: وَ مَنْ أَعْرَضَ عَنْ ذِكْرِي فَإِنَّ لَهُ مَعِيشَةً ضَنْكاً وَ نَحْشُرُهُ يَوْمَ الْقِيٰامَةِ أَعْمىٰ ⁴ و هركه از ياد من روبگرداند، زندگانى تنگى دارد و روز رستاخيز او را كور محشور مى‌كنيم» ويا وَ مَنْ كٰانَ فِي هٰذِهِ أَعْمىٰ فَهُوَ فِي الْآخِرَةِ أَعْمىٰ ⁵ و هركه در اينجا كور باشد، در آخرت هم كور است».