70نجف فزونى گرفت، زيرا كه شيخ طوسى در بغداد مورد بى مهرى فراوان قرار گرفت وكتابخانۀ وى آتش زده شد. مهاجرت شيخ طوسى به نجف باعث روى آوردن طلاب علوم دينى به نجف شد.
در سال 508ه . ق شخصى به نام >مشعشعى< كه حاكم منطقۀ الجزاير و بصره در جنوب عراق بود به نجف وكربلا حمله كرد و اهالى نجف را كشته يا اسير كرد و حرم هاى مطهر نجف وكربلا را به تاراج برد.
در بين سالهاى(550ه . ق و 656 ه .ق) خليفۀ عباسى >الناصر لدين الله< توجه زيادى به بنا و توسعۀ شهر نجف نموده و حرم مطهر حضرت على(ع)را بازسازى نمود.
در پايان قرن هفتم و هشتم هجرى ودر دوران حكومت خاندان پادشاهان >ايلخانى و جلايرى< شهر نجف ازجهت آبادانى و جمعيت و ساختن مدارس علميه پيشرفت چشمگيرى نمود.
در سال 997ه . ق >عبد المؤمن خان< پادشاه ازبك با لشكر بزرگى به نجف حمله كرد و مردم شهر را قتل عام نمود.
در آغاز قرن دهم هجرى قمرى شاه عباس صفوى بر بغداد و بسيارى از شهرهاى ديگر عراق دست يافت و سپس به زيارت عتبات عاليات، ازجمله شهر مقدس نجف مشرف شد و دستور داد شاخه‌اى از رودخانۀ فرات به سوى آن كشيده شود. پس از آن سلطان عثمانى >سليمان قانونى< دوباره عراق را بازپس گرفت و وى