101جبل‌عاملى و... بهره برد. سيد مصطفى پس از اتمام سطح، در درس خارج حضرات آيات: پدر بزرگوارش، آيت‌اللّٰه سيد محمد حجت و... شركت نمود. هنگامى كه امام به تركيه و عراق تبعيد شد، وى هم ملازم و همراه امام بود.
سيد مصطفى از نظر علمى در سطح بالايى قرار داشت و در مدت عمر كوتاهش توانست هفده جلد كتاب تأليف كند كه يكى از آنها «تفسير القرآن الكريم» است كه ناتمام ماند.
وى خصوصيات ارزندۀ زيادى داشت كه مهمترين آن عشق به امام حسين عليه السلام بود.
محمد حسن رحيميان در اين باره مى‌گويد:
«يكى از خصوصيات حاج آقا مصطفى اين بود كه ايشان مقيد به پياده‌روى از نجف به كربلا در تمام زيارتهاى مخصوصۀ امام حسين بود. در سال معمولاً «15 شعبان، عرفه، اربعين و نيمۀ رجب» كه مردم نجف پياده به كربلا مى‌رفتند، ايشان هر سال در چند مناسبت پياده به كربلا مى‌رفت. گاهى مى‌شد كه كف پاى او تاول‌هايى مى‌زد كه خونابه از آن راه مى‌افتاد و كاملاً مجروح مى‌شد ولى باز هم به راه رفتن ادامه مى‌داد.»
مقام معظم رهبرى ضمن ستايش از سيد مصطفى دربارۀ ايشان مى‌فرمايد:
«مرحوم سيد مصطفى خمينى، يكى از شخصيتهاى بالقوه و بالفعل اسلام بود.
روزى كه ايشان شهيد شدند. در حدود سنين 47 يا 48 سالگى بودند و در آن سن جزو ممتازين كسانى بود كه در حوزۀ علميه قم، نجف و مشهد... وجود داشت. بنده ايشان را به عنوان يك چهرۀ برجستۀ حوزه علميه قم از سال‌هاى قبل مى‌شناختم.»
رژيم شاه كه مى‌خواست ضربۀ روحى به امام وارد سازد و هم يكى از اركان انقلاب را از ميان ببرد، در 1 / 8 / 56 او را توسط زهر به شهادت رساند. مردم مسلمان نجف پيكر پاكش را با آب فرات غسل داده، در محل خيمه‌گاه امام حسين عليه السلام كفن كرده و پس از انتقال به نجف، در حرم مطهر امام على عليه السلام در مقبرۀ زير گلدستۀ جنوبى در ايوان طلا به