299در عهد مغولان، بخش بزرگى از شبه قاره تحت حاكميت مسلمانان، يكپارچه شد. علاوه بر اين، آن‌ها سعى مى‌كردند معابد شرك‌آلود هندى را تخريب كنند؛ ازجمله محمود غزنوى كه در حمله به هند، بسيارى از معابد هندوها را ويران كرد. پيش از مغولان، غوريان كه از سلسله افغان‌ها بودند، در هند سلطه داشتند. قطب‌الدين يكى از فرماندهان غورى خود را سلطان دهلى ناميد و حكومتى اسلامى برپا ساخت كه تا پيش از ورود مغولان پابرجا بود. وى در ازاى ساختن هر مسجد، بيست و هفت معبد هند را ويران ساخت، سپس مناره باشكوهى به نام قطب منار برافراشت.

اكبرشاه، مغول بعدى بود كه حاكميت مغولان را بر بخش اعظم شبه قاره هند وسعت بخشيد. او نخستين فردى بود كه هندوان و مسلمانان را به كار با يكديگر تشويق كرد؛ ماليات زيارت در معابد را از ميان برداشت؛ اختلافات مذهبى مسلمانان و هندوان را زدود. وى در سال 1575 فرمان تأسيس عبادتگاهى در نزديكى قصرش را صادر كرد كه در آن، در مورد جنبه‌هاى متفاوت مذاهب مختلف هندو، جين ( Jain) ، اسلام و مسيحيت بحث و مناظره برپا مى‌شد. اكبرشاه با برگزيدن بهترين قوانين از كليه مذاهب، دين جديدى پديد آورد، اما آن را بر شخص خود به عنوان امپراتور شبه الهى متمركز ساخت. البته اين اقدام، سياست زيركانه‌اى بود و چنان تأثيرى داشت كه احترام به سرير مغول، پس از آن‌كه قدرت سياسى مؤثر خو را از دست داد، مدت‌هاى دراز تا سده نوزدهم همچنان باقى ماند.

اورنگ زيب، پسر اكبرشاه، مجدداً محدوديت‌هايى را براى هندوان