109به شهادت مورّخان، مردم مدينه پس از مشاهدۀ آثار و بقاياى بهجا مانده از مسجد و عدم توانايىشان در بازسازى و ترميم آن، نامهاى به خليفۀ وقت؛ «مستعصم باللّٰهبن مستنصر باللّٰه» نوشته، شرح اسفانگيز حريق بناى مسجد را به اطّلاع او رساندند.
مستعصم باللّٰه، كه در سال 656 ه . ق. به امر هلاكوخان كشته شد، معماران را با اسباب و لوازم ساختمانى به سوى مدينه بسيج نمود.
آنان در آغاز سال 655 ه . ق. شروع به تجديد بناى مسجدالنّبى نمودند. با توجّه به ريزش سقف بر روى مقبرۀ محمّد رسول اللّٰه معماران و بزرگان مدينه، جرأت و نحوۀ پاكسازى حجره و مرقد را در خود نيافتند. از اين رو نامهاى جهت تعيين تكليف به خليفه نگاشتند. ولى درگيرى خليفه و ستيز شهروندان بغداد با تاتارهاى مهاجم، سبب شد كه پاسخ مقتضى در اين خصوص داده نشود و حجره به همان سان باقى ماند.
چون مردم در سال 655 ه . ق. امكان و اقتضاى ترميم را به دست آوردند و حدود حجره و مرقد و روضه را شناختند، با رعايت دقيق موازين دينى و تاريخى، سقف حجره و اطراف آن را تا ديوارهاى قبله و سمت شرقى آن و باب جبرئيل و روضه و منبر، ترميم و بازسازى كردند.
در سال 656 ه . ق. كه بر اثر جنگ بغداد با تاتارها، ارتباط مدينه با مركز خلافت قطع شده بود، وسايل لازم جهت ادامۀ تعميرات بناى مسجد از جانب «منصور نورالدّين ابن معز ايبك، صالحى» امير مصر تأمين گرديد و در جهت تسريع و اهتمام بيشتر به امر بازسازى، از طرف امير يمن، «مظفّر شمسالدين يوسف بن منصور عمر بن على» از «بنو رسول يمن» كه در سال 647 ه . ق. بر زيبد و عدن حكومت مىراند، وسايل و بودجه و معماران يمنى به سوى مدينه رهسپار شدند.
در سال 657 ه . ق. با توجه به امكانات ارسالى ياد شده، بناى مسجد از بابالسّلام تا بابالرّحمه و از باب جبرئيل تا بابالنّساء دو باره سازى گرديد.
در ذى القعده سال 657 ه . ق. امير نامبرده معزول گرديد و «مظفر سيفالدين قطر معزى» (محمود ابنممدود) بر كرسى امارت تكيه زد و پس از اندى به قتل رسيد. لذا توفيقى براى كمك به تداوم بازسازى بناى مسجدالنّبى حاصل نكرد. در اواخر سال