166را با كاشى تزيين كرد.يك سده بعد،دوباره براثر طغيان دجله،حرم رو به تخريب و ويرانى رفت و سلطان اويس جلايرى به ترميم و تعمير آن اقدام كرد.ديوارهاى صحن را با كاشى‌هاى زيبا تزيين و سپس دو صندوق خاتم كارى بر روى قبرهاى مقدس نصب كرد و به جاى يك گنبد،كه در عصر آل بويه ساخته شده بود،دو گنبد برفراز قبرهاى مطهر ساخت.اما بازهم چند سال بعد،يعنى در 776 ق،دجله طغيان كرد و خرابى‌هاى زيادى در مشهد كاظمين به بار آورد. 1اين بارهم سلطان اويس با تلاش وزيرش به رفع ويرانى‌ها پرداخت و قسمت‌هاى تخريب شده را مرمت كرد.كاروان سرايى هم براى سكونت زائران ساخت. 2
عمده‌ترين بازسازى‌ها و تعميرات آستان كاظمين در دوران صفويه انجام شد.شاه اسماعيل صفوى،در 926 ق،تمامى بناهاى حرم را خراب كرد و بناى زيبا و با شكوهى شامل رواق در چهار سو،صحن،حرم و دو گنبد جديد كاشى‌كارى شده ساخت.
مسجدى با شكوه و با ستون‌هاى ضخيم در شمال حرم احداث كرد كه اكنون هم پابرجاست و به نام مسجد صفوى اشتهار دارد.دو صندوق زيبا از خاتم براى قبر دو امام ساخت و داخل حرم را با آويزها و قنديل‌هاى قيمتى و فرش‌هاى نفيس آراست.درهاى حرم و رواق‌ها را نيز با نقره پوشش داد. 3امروزه،كتيبه‌اى از آن اقدام‌ها بانام شاه اسماعيل هم چنان موجود است.سلطان محمد خدابنده،برادر وى،كه در اين سال‌ها در عراق حكومت مى‌كرد،كارهاى او را تكميل كرد.سليمان قانونى پس از تسخير عراق و سلطه عثمانى‌ها بر بغداد،منبرى زيبا از آجر و پوششى از كاشى به مسجد صفوى تقديم كرد.
شاه عباس صفوى،براى نخستين بار،ضريحى از فولاد برفراز قبرهاى امامان ساخت و حرم و روضه مطهره را تزيين كرد.در 1045 ق،شاه صفى نيز چهار مناره در گوشه‌هاى صحن ساخت كه اكنون هم پا برجاست. 4