165عظيمى رخ داد كه به مشهد كاظمين سرايت كرد و آسيب زيادى به بقعه مطهر رسانيد.
ابوالحرث ارسلان بساسيرى با كمك ابونصرفيروز،فرزند ابى كاليجار،به بازسازى و مرمت آستان و مناره‌ها پرداختند و داخل حرم را تزيين و صحن شريف را بازسازى كردند و دو صندوق برمزار دو امام نصب كردند. 1
در 490 ق،مجد الملك ابوالفضل براوستانى وزير شيعى بركيارق،از پادشاهان سلجوقى،به تعمير و بازسازى حرم پرداخت و بناهاى جديدى به اطراف آن افزود. 2
ديوارهاى آستان را با كاشى تزيين كرد و در شمال آن مسجدى بزرگ ساخت و دو منارۀ زيبا و يك مكان بزرگ براى استراحت زائران و سكونت آنان احداث كرد.
صحن و حرم شريف براثر طغيان رود دجله در 569 ق دچار آسيب شد و خليفه عباسى،الناصر لدين اللّٰه،به همت وزير شيعى‌اش مؤيد الدين محمد قمى در 575 ق تعميراتى در آن انجام داد و حجره‌هايى در اطراف صحن ساخت. 3او در اطراف آستان خانه‌هايى براى زائران و فقيران بناكرد كه به«دار الضيافه»مشهور شد.علاوه برآن حجره‌هاى اطراف صحن را در 608 ق به مدرسه علوم دينى تبديل كرد.خليفه عباسى در چند سال بعد،كه دوباره حرم براثر طغيان دجله دچار آسيب شد،به بازسازى آن پرداخت و خرابى‌ها را ترميم كرد. 4در زمان فرزندش،الظاهر،نيز حرم مطهر دچار آتش سوزى شد و بسيارى از لوازم و نفايس آن در آتش سوخت و حتى به ضريح گنبد و مناره‌ها خساراتى وارد شد كه خليفه به بازسازى آن پرداخت. 5
هنگام تهاجم هولاكو خان مغول به بغداد در 656 ق،شهر كاظمين دست خوش تاراج و حريق شد.اما دو سال بعد وزير وى،عطاملك جوينى،به هنگام حكومتش بر عراق به بازسازى و جبران خسارت وارده به مشهد كاظمين پرداخت 6و ديوارهاى آستان