1322. همانگونه كه در مباحث گذشته روشن گرديد، اجساد مطهر سه تن از ائمه هدى؛ يعنى امام مجتبى، امام سجاد و امام باقر(عليهم السلام) كه ارتحال و شهادت آنان به ترتيب در سالهاى 50، 95 و 114 واقع شده در داخل خانه عقيل دفن شده است، ولى پيكر امام صادق(ع) كه وفات وى در سال 148 بوقوع پيوسته، نه تنها در داخل محوّطه مسقف و در داخل خانه، بلكه در داخل حرم و پس از تبديل شدن خانه عقيل به «مسجد» و زيارتگاه عمومى در كنار قبور ائمه سهگانه، به خاك سپرده شده است. و اين بود مرحله دوم از تاريخ حرم ائمه بقيع(عليهم السلام).
متأسفانه در مورد تغيير و تحوّلى كه پس از اين تاريخ تا قرن پنجم، در اين حرم شريف بوجود آمده است، اطلاع دقيق و مستند تاريخى در دست نيست؛ ولى با توجه به بحثهاى گذشته، مسلماً اين حرم در طول اين سه قرن نيز مورد توجه عباسيان و شيعيان بوده و از هر فرصت ممكن در تعمير و تجديد بناى آن اهتمام ورزيدهاند و بعضى از شواهد تاريخى نيز مؤيد اين حقيقت است.
از جمله، مطلبى است كه مرحوم جزايرى كه در سال 1095 هجرى به زيارت مدينه رفته است مىنويسد: يكى از شيعيان ساكن مدينه به او گفت كه در سال پيش، علماى مدينه به تفتيش كتبى كه در خزانه بقيع بوده رفته و نسخهاى از «المزار» شيخ مفيد را در آنجا يافتند كه در آن نسبت به بعضى از صحابه بدگويى شده بود، كتاب را نزد قاضى آورده و از وى خواستند تا اجازه دهد قبّه ائمه را تخريب نمايند. او گفت اين قبّه را هارون الرشيد براى پدرش ساخته و من نمىتوانم به خراب كردن اين قبّه قديمى فتوا بدهم. 1
بهطورى كه در مرحله سوم از تاريخ حرم ائمه بقيع(عليهم السلام) خواهيم ديد، قبهاى كه در قرن يازدهم مورد بحث بوده قاضى مدينه ساختمان آنرا به هارون الرشيد نسبت مىداده است، همان بقعه و قبّهاى است كه در قرن پنجم به دستور مجدالملك ساخته شده است نه به وسيله هارون الرشيد؛ ولى گفتار قاضى مدينه نشانگر اين است كه هارون هم در دوران خلافتش170- 193 به اين حرم شريف توجه و در تعمير آن نقشى داشته است؛