47رحلت، در قبرستان سنبلستان دفن شده است. بعدها به دستور شاه سلطان حسين صفوى، آخرين پادشاه صفويه، گنبد و رواق و ضريحى مجلل براى اسماعيل ساخته شد. كتيبه سر در صحن امامزاده، به خط ثلث سفيد بر زمينه كاشى خشت لاجوردى چنين است: «... هذه القبر للسيد الجليل اسماعيل بن حسن بن زيد ابن حسن بن على بن ابي‌طالب(ع)...». بر پنجره چوبى مشرف به كوچه، كه بالاى سر امامزاده است، كتيبه‌اى هست كه بر آن به خط نسخ نوشته شده: «اسماعيل بن زيد بن حسن بن على ابن ابى‌طالب(ع)».

قبر امامزاده اسماعيل واقع در خيابان هاتف داراى بقعه، حرم، صحن و حجرات بسيار مجلل است كه از گذشته تاكنون، محل سكونت طلاب علوم دينى مى‌باشد.

فرزندان اسماعيل بن ابراهيم الغمر

اسماعيل ديباج دو فرزند پسر و يك دختر داشت. حسن، ابراهيم و ام‌اسحاق.

پسران اسماعيل ديباج در نهضت شهيد فخ شركت داشتند و ابراهيم طباطبا از آن حادثه جان سالم به در برد. آنها پس از ماجراى فخ، در قرن دوم هجرى از حجاز به سوى ايران هجرت كردند و در آنجا ساكن شدند.