251متصل به اين صحن از ضلع شرقى آن، صحن كوچك‌ترى به شكل مربع وجود دارد كه از نظر معمارى، شبيه صحن غربى است و گرداگرد آن را رواق‌هايى فرا گرفته است. اين صحن در سال 1427ه .ق - 2006 م احداث شده است. در ضلع جنوبى صحن و در شرق ورودى اصلى بنا، شبستانى وجود دارد كه سقف آن بر ستون‌هايى استوار گشته، و داراى چندين گنبد نيم‌كره‌اى كوچك است.
در ضلع شمالى دو صحن، بخش اصلى بنا قرار دارد كه شامل حرم اصلى در غرب، و دو شبستان وسيع در مركز و شرق است كه هر بخش نيز داراى يك ورودى در رواق‌هاى شمالى صحن مى‌باشد. ورودى حرم، مقابل رواق غربى صحن قرار دارد. گرداگرد حرم رواق‌هايى با سقف آينه‌كارى شده وجود دارد كه رواق واقع در شرق حرم، آن را از شبستان ميانى جدا مى‌كند. سقف حرم با كاشى‌كارى‌هاى زيبا پوشيده، و بخش‌هايى از آن مقرنس‌كارى شده است. (تصوير 131) ميان كاشى‌كارى‌ها، نوشته‌هايى از آيات قرآن و احاديثى در فضايل اهل‌بيت(عليهم السلام) به چشم مى‌خورد.
قبر حضرت رقيه ميان حرم قرار گرفته است و روى آن نيز يك صندوقچه چوبى پوشيده از پارچه‌هاى سبزرنگ و حاوى آيات قرآن وجود دارد. روى قبر يك ضريح نقره‌اى به ابعاد حدود 1*2 متر وجود دارد كه در سال 1376ه .ق - 1956م از سوى مجمع بنى‌زهراى تهران، به حرم حضرت رقيه اهدا شده است. اين ضريح، ميان ضريح نقره و طلاكوب جديد و بزرگ‌ترى قرار گرفته كه در اصفهان ساخته، و در سال 1414هق - 1994م نصب شده است. 1 (تصوير 128)
بالاى ضريح، گنبد اصلى حرم به ارتفاع 14 متر از كف زمين قرار دارد كه سطح خارجى آن با تزيينات هندسى پوشيده شده است. (تصوير 127) سطح داخلى آن نيز به شيوه زيبايى مقرنس‌كارى و آينه‌كارى شده است. (تصوير 130) گنبد داراى گردن مدوّرى حاوى شانزده پنجره كوچك است و گرداگرد آن، بالاى پنجره‌ها، كتيبه‌اى از