198معمارى زيارتگاه رؤوس الشهدا با زيارتگاه عبدالله بن امام زينالعابدين(ع) قابل مقايسه است. ساختمان مزار ميان صحن مربعى قرار دارد كه در يك دهه اخير، رواقهايى نيز اطراف آن ساخته، و نماى غربى صحن، با سنگهاى مرمر سفيد پوشيده شده است. ورودى زيارتگاه هم ميان آن قرار دارد. در ضلع شرقى صحن، مسجد امام زينالعابدين(ع) وجود دارد كه پيشتر درباره آن توضيح داده شد.
بناى اصلى مزار شامل اتاقى به شكل مربع است كه از قالبهاى سنگى سياه و سفيد (ابلق) ساخته شده است. بنا داراى گنبدى كمخيز و سفيد رنگ با گردن هشت ضلعى است. (تصوير 108) در ضلع شمالى آن، سردر مرتفعى وجود دارد كه در رأس آن يك طاق قرار دارد. (تصوير 109) دو طرف سردر نيز دو پنجره مشبّك آهنى به چشم مىخورد. بالاى درِ ورودى، كتيبهاى سنگى وجود دارد كه بيانگر بازسازى مزار در سال 1330ه .ق به دست سيد سليم مرتضى است و متن آن چنين است:
وفتيةٌ من بني عدنان ما نظرت
هذا مقام رؤوس الشهداء الستة عشر رأساً من اهل العبى الذي استشهدوا يوم طفّ كربلاء مع الامام الحسين ابن الامام علي بن ابي طالب عليهم السلام تشيد هذا المقام المقدّس بمساعي السيد سليم افندي ابن السيد حسين مرتضى قائم مقام مراقد اهل البيت عليهم السلام في شوال سنة 1330.
بالاى اين كتيبه، لوح سنگى جديدترى وجود دارد كه بيانگر نصب ضريح نقره روى قبر در سال 1414ه .ق - 1993 م، به دست «جوهر محمد برهانالدين»، داعى مطلق اسماعيليان بُهره است. متن كتيبه چنين است:
بتوفيق الله تعالى تم تجديد مقام رؤوس شهداء كربلاء عليهم السلام ووضع المقصورة الفضية من قبل الداعي إلى اهل البيت الفاطمي القائد جوهر محمد برهان الدين سلطان البهرة بمساعي