237شهر مدينه تا سال 130 در اختيار امويان بود. در اين سال كه خوارج قدرت يافتند، شهر مدينه در اختيار چند تن از خوارج مانند ابوحمزه خارجى اباضى و مفضل اباضى خارجى قرار گرفت. امويان در سال 131 بر مدينه چيره شدند، اما سلسله آنان در سال 132 هجرى ساقط شد.
مدينه در دوره عباسيان
عباسيان در شهر كوفه قدرت را به دست گرفتند و در دوره منصور، بغداد را ساختند و خلافت را به آنجا انتقال دادند. نخستين امير آنان در مدينه، از خاندان عباسى يحيى‌بن جعفر بن تمام‌بن عباس بود كه از سوى سفّاح منصوب شد. پس از وى، داود بن على بن عبدالله و سپس موسى بن داود بن على به همين ترتيب اين شهر مهم، همانند ساير شهرهاى بزرگ در اختيار عباس زادگان بود، گرچه به ندرت افراد غير عباسى، براى مدتى كوتاه به امارت اين شهر مى‌رسيدند.
شهر مدينه در سال 145 با يك شورش علوى بسيار پرنفوذ مواجه شد. محمد بن عبدالله بن حسن بن حسن بن على(ع) با لقب نفس زكيّه و به عنوان مهدى در اين شهر سر به شورش برداشت و آن را تصرف كرد. وى اندكى بيش از دو ماه و نيم بر شهر مسلط بود تا آن كه سپاه عباسى از راه رسيد و فرماندهى سپاه را عيسى بن موسى عباسى عهده‌دار بود. اين سپاه توانست شورش را به شدت سركوب كند. قبر نفس زكيه در غرب مدينه تا قرنها مشخص بود و در دوره وهابى‌ها آثار آن كه در ابتداى شارع سلطانه بود، از ميان رفت. به رغم اين شهرت، بر اساس آنچه در تاريخ طبرى و پس از آن در مآخذ ديگرى مانند تاريخ ابن العماد حنبلى آمده، قبر نفس زكيه در بقيع