90هجرى، وارد قريۀ قُبا (5 كيلومترى جنوب مدينه) شد، و تا روز جمعه (4 روز) در اين محل توقّف كرد، تا حضرت على عليه السلام در مكّه امانات مردم را كه نزد حضرت رسول بود به آنان برگردانده، و ساير دستورهاى حضرت را اجرا، و چند تن از زنان كه حضرت فاطمه عليها السلام در ميانشان بود، به حضرتش ملحق شود، و از طرفى ديگر مردم مدينه خود را براى ورود حضرت آماده كنند. در اين توقّف چهار روزه، حضرت رسول صلى الله عليه و آله اوّلين مسجد را كه زمين آن را مردم قُبا هديه كردند و حضرت با نوك سرنيزۀ خود حدود آن را روى زمين مشخّص كرد، با كمك مسلمانان بنا نمود. گفتهاند كه هر ضلع آن 66 ذراع بودهاست.
در ساختن اين مسجد پيامبر اكرم صلى الله عليه و آله مانند ديگر