100هنگاميكه ابوجعفر منصور به خلافت رسيد، سعى كرد مرقد مطهر را دوباره نبش كند و به غلام خود دستور داد كه آن را بشكافد، و چون به قبر مطهر رسيد، از آن كار پشيمان شد و دستور داد دوباره آن را بپوشانند.
در سال 170ه ق بنا به گفته ابن طحال در كتاب فرحه الغرى هارون الرشيد خليفه عباسى دستور داد كه ساختمانى با آجر سفيد رنگ و به طول و عرض يك ذراع بر روى قبر مطهر حضرت على(ع)ساخته شود. همچنين وى دستور داد كه گنبدى از گل سرخ نيز براى مرقد آن حضرت ساخته شود. علت اين امر اين بود كه روزى هارون الرشيد به منظور شكار بيرون رفت و سگهاى شكار وبازهاى او دنبال آهوئى كردند و آهو به زمينى پناهنده شد كه سگهاى شكارى وبازها بدان زمين وارد نشدند، پس هارون الرشيد در شگفت شد و از يكى از كهن سالان كوفه علت امر را جويا شد و او پاسخ داد كه آهو به قبر حضرت على(ع)پناه آورده است و از اين رو حيوانات شكارى از دنبال كردن آن روى برگردانده اند. هارون الرشيد چون اين را شنيد دستور داد كه ساختمان فوق الذكر را بر روى قبر آن حضرت بنا كنند 1.
هنگامى كه متوكل عباسى به خلافت رسيد دستور داد قبر مطهر حضرت على(ع)و امام حسين(ع)را ويران كنند.