11إلاّبعد خمس وعشرين سنة حيث أقبل الناس عليه يطلبون منه بإصرار أن ياخذ بزمام الأمر ويمارس مهمة القيادة والزّعامة، فقبل بذلك ولمّا أراد أن يمارس الحكم ويطبق أحكام الإسلام بعدالة، وقف في وجهه فئات لم ترقهم العدالة، وأثاروا في وجهه حروباً عديدةً ذهب ضحيتها أناس كثيرون، ولكن رغم كلّ هذه العراقيل التي أثيرت فى وجه الإمام علي (ع) إلاّ أنه استطاع في مدّة قليلة أن يسجل صفحات مشرقة و ساطعة في مجال تحقيق العدالة في القضاء والحكم وتقسيم الثروة والإدارة الصحيحة لشؤون البلاد والعباد.

وقد ضُرب بالسيف على رأسه ليلة التاسع عشر من شهر رمضان عام أربعين من الهجرة، عند أدائه لصلاة الفجر في محراب مسجد الكوفة بالعراق، على يد عبدالرحمن بن ملجم المرادي الخارجي ، وحظّي بالشهادة في اليوم الحادي والعشرين من شهر رمضان من نفس العام و دُفن في ظهر الكوفة (النجف حالياً) حيث مرقده الآن.