279ائتلاف كمونيستى خلق/ پرچم كه به دنبال يك كودتا به قدرت رسيده بودند، سازماندهى كردند. 4 حزب از 7 حزب اصلى مجاهدين كه در مبارزات 1979 تا 1989 عليه شورويها و متعاقباً جنگ داخلى پس از سقوط شوروى شركت كرده بودند، در اصل گروههاى كوچكى از جنبش اسلامى جماعت بودند. اهداف اين گروهها مشابه بود اگر چه استراتژيها و شيوههاى سازمان دهى متفاوتى داشتند. سازمانهاى مختلف اسلامى شيعه افغان و سه تا از گروههاى اسلامى سنتگرا پس از كودتاى 1978 كمونيستها شكل گرفت.
اپوزوسيون اسلامى به طور جدى با رژيم كمونيست ميجنگيد و به همين دليل توانست آنها را در آوريل 1992 شكست دهد و قدرت را براى ايجاد يك دولت اسلامى در افغانستان به دست گيرد. اسلامگرايان قادر به درك تفاوت نگرشهاى سياسى مختلف نبودند و اين امر موجب جنگها و آشوبهاى بسيارى در كشور گرديد. جنگ، گروههاى مختلف حكومت جديد - كه به وسيله ربانى هدايت ميشد - را به ستوه آورد و همين امر سقوط دولت را توسط طالبان تسهيل كرد.
جنبش اسلامى طالبان به وسيله محمد ملا عمر و ديگر طلبههاى مذهبى و در پاسخ به ناامنيهاى سياسى كه در سراسر افغانستان به خاطر حكومت ربانى به وجود آمده بود، شكل گرفت. رهبران طالبان، بيشتر و يا تمام تحصيلات مذهبى خود را در مدرسههاى جنبش محافظهكار ديوبندى ( deobandi) خوانده بودند كه در مناطق شهرى پشتون افغانستان و پاكستان بسيار قوى بودند. نگرش ديوبندى به اسلام نشأت گرفته از