59در سال 555 ه . ق. جمالالدّين اصفهانى وزير 1 و بانى بناى رباط العجم مدينه، فرمان تجديد بناى آن را صادر كرد و بناى مسجد قبا ديگربار دوبارهسازى شد. 2نورالدّين سَمهودى در «وفاء الوفا بأخبار دارالمصطفى» تصريح مىكند: از روى نقوشى كه در مسجد ديده، پى برده كه ناصربن قلاوون در سال 733ق. به تعميرات اساسى مسجد همّت گماشته است.
در سال 840ه .ق. سقف مسجد به فرمان اشرف بُرسْباى از حكام مماليك برجى و به همّت ابنقاسم محلى تجديد و بعضى قسمتهاى آن ترميم گرديد.
در سال 877 ق. كه مقارن با اقامت نورالدّين سمهودى در مدينه بود، منارۀ مسجد خراب شد و آن را به فرمان «اشرف قايتباى» (متوفّاى 901ه .ق.) از «مماليك» و به همّت جناب «خواجگى شمسىبن زمن» در سال 881 ق. تجديد بنا كرده و در بازسازى ديگر قسمتهاى مسجد كوشش نمودند.
در عصر تسلّط «عثمانىها» بر سرزمين حجاز، بناى مسجد قبا توسّط سلاطين عثمانى ترك، تعمير و مرمّت گرديد كه آخرين آن، در زمان سلطان محمود عثمانى و فرزندش سلطان عبدالمجيد عثمانى در طول سالهاى 1240 تا 1245 ه . ق. روى داد كه به نظر مىرسد در اين تعميرات، به مساحت قديمى مسجد افزوده نشده است. 3ميرزا حسين فراهانى 4 در سفرى كه به سالهاى 1302 تا 1303ق. صورت پذيرفت، مسجد قبا را زيارت و از بناى آن يادى كرده است كه ظاهراً مربوط به بعد از اتمام ترميمهاى انجام يافته در زمان عبدالمجيد عثمانى است. از اين كلام او كه مىنويسد:
«مسجد قبا مسجد كوچكى است كه سقف ندارد و سه طرف آن خراب و يك طرف آن آباد است...» معلوم مىشود كه عثمانىها تنها به بازسازى قسمت قبلى آن همّت گماشته بودند.
با اين همۀ عقيدۀ حقير بر آن است كه ميرزا حسين فراهانى در اين توصيف، راه صواب را