36صندوق بسيار زيبا و نفيس از جنس ساج روى قبر استقرار يافت.اين صندوق از كارهاى زيباى عبدالرحيم شيرازى جد چهارم صنيع خاتم است كه در هفت ماه در 350/000 سانتى متر به همت محمد جعفر زند برادر كريم خان زند ساخته شده است. 1اطراف صندوق كتيبه‌اى زيبا و مزين به آيه‌هاى قرآن تعبيه شده بود و ناصر الدين شاه نيز جعبه‌اى از الماس و برليان روى آن قرار داد. 2صندوق كنونى از ساج خاتم كارى شده بسيار نفيس دورۀ صفوى است.در اطراف آن سوره الدهر و بعضى احاديث از امام على عليه السلام با خط محمد بن علاء الدين به تاريخ 1198ق ثبت شده است.روى صندوق قبر همواره با پوشش‌هاى اهدايى پادشاهان پوشانده مى‌شود.عضدالدوله ديلمى پوششى زيبا روى قبر قرار داد كه با گلابتون بافته و تزيين شده بود.اين پوشش تا دورۀ قاجار هم‌چنان روى قبر قرار داشت زيرا ناصرالدين شاه،كه در اواخر قرن سيزدهم هجرى به زيارت حرم رفته،از آن پوشش سخن مى‌گويد و مى‌افزايد:«هشت صد سال است كه به خوبى روى قبر مطهر بدون هيچ عيبى قرار دارد.» 3
اما نخستين ضريحى كه برفراز صندوق ساخته شد،در 175 ق توسط هارون الرشيد و از جنس سنگ سفيد بود. 4اين ضريح در عصر عضد الدوله ديلمى بازسازى شد.
بعدها،عباسيان ضريحى از جنس فولاد روى مرقد ساختند و سپس پادشاهان صفوى آن را با يك ضريح نقره‌اى عوض كردند.برچهار گوشه اين ضريح،چهار قبه مرصع از سوى سلطان حسين صفوى پيشكش شد.زينب بيگم،دختر شاه طهماسب،نيز قنديلى زيبا براى روشنايى داخل آن هديه كرد. 5
آقا محمد خان قاجار در 1211 ق ضريحى از نقره ساخت و جاى‌گزين ضريح قبلى