202تعميرات نام ميرزا محمد رفيع ديده مى‌شود. 1اين تعميرات به سبب كشته شدن احمد خان دنبلى ناتمام ماند و فرزندش،حسينقلى خان دنبلى،25 سال بعد آن را دنبال كرد.او كاشى‌هاى گنبد را بازسازى نمود و براى زائران حمام،كاروان سرا و مسجد احداث كرد.
علامه ميرزا محمد سلماسى و فرزندش شيخ زين العابدين بر اجراى اين تعميرات و بازسازى نظارت داشتند. 2حسينقلى خان بر روى مزار نرگس خاتون و حكيم خاتون نيز ضريحى تعبيه كرد. 3
در عصر قاجار،توسعه و بازسازى حرمين ادامه يافت.براساس وصيت اميركبير، شيخ عبدالحسين تهرانى،معروف به شيخ العراقين،تعميرات كامل و همه جانبه اى را با ثلث اموال امير كبير برحرم انجام داد كه عبارت بود از:طلا كارى گنبدهاى منور،تعمير صحن و ايوان،تعبيه سنگ‌هاى مرمر سبز در ديوارهاى رواق‌ها و حرم،ترميم بخش‌هايى از ديوارهاى صحن و كاشى كارى آن ها. 4اين كار در 1285 ق پايان يافت.در دوران حضور ميرزاى شيرازى،كه حوزه علميه سامراء رونق فراوانى يافت، 5كارهايى در تزيين و بازسازى حرم انجام شد؛سنگ فرش كردن صحن،آينه‌كارى برخى رواق‌ها و حرم،نصب ساعت بزرگ برسر در بزرگ ورودى،تهيه پرده‌هاى قيمتى و نفيس براى درهاى حرم و رواق‌ها،ساخت مدرسه‌اى جهت سكونت و تحصيل طلبه‌هاى علوم دينى و ساير كارهاى عمرانى ديگر حاصل آن دوره است. 6اين تعميرات در زمان آيت اللّٰه