52پس از نيمۀ دوم قرن پنجم كه جويندگان علم از هر سوى، به نجف روى آوردند، بسيارى از مهاجران نيز كتابهايى وقف آن كتابخانه كرده و بر اهميت آن بيش از پيش افزوده شد.
در قرن هشتم هجرى به سال 755ه . ق. كتابخانه دچار آتشسوزى گشته و بسيارى از كتابهاى آن از جمله مصحف شريف قرآن در سه جلد به خط مبارك حضرت على عليه السلام ، در آتشسوزى از ميان رفت. پس از اين واقعه سيد صدرالدين بن شرفالدين معروف به آوىّ با يارى گرفتن از فخرالمحققين محمد بن حسن حلى دانشمند گرانقدر اماميه در قرن هشتم، كتابخانه را از نو بنياد نهاد و كتابهاى بسيارى براى آن فراهم آورد. آوىّ هنگام مرگ وصيت نمود يك سوم اموال او را كتاب خريده و وقف كتابخانۀ علوى كنند. بدين ترتيب در زمان كمتر از پنج سال كتابهاى بسيارى در آن فراهم آمده و داراى اهميت و اعتبارى دوباره گرديد.
در اثر بىتوجهى، كتابخانۀ بزرگ بىنظير آستان قدس علوى به تدريج اهميت خود را از دست داد و بسيارى از كتابهاى آن خارج گرديد و يا از ميان رفت، به گونهاى كه امروز جز اندكى بسيار ناچيز از آن مخزن گرانبها، باقى نمانده است.
به دليل سهلانگارى و كوتاهنظرى، آن ذخيرۀ بزرگ معنوى و يادگار ارزشمند قرون پيشين كه دست خط مبارك