54طرّاحى اين گنبدها به گونهاى انجام گرفته است كه با طرّاحى ديگر بخشهاى توسعۀ جديد و ساختمان قديم همنواخت باشد؛ از اينرو، گنبدهايى هماهنگ با گنبد سبز مسجد و البته كوتاهتر از آن، طرّاحى شده است. قطر انحناى هر گنبد 8/02 متر است و در طرّاحى آن از نرمافزار كامپيوترى سهبعدى آوتوكد ( AutoCAD ) كه با معادلات پيچيدۀ رياضى، عناصر و ابعاد داخلى و خارجى بنا را تعيين مىكند، بهرهگيرى شده است.
استفاده از اين برنامه، در اجرا، موجب پديد آمدن سازههايى كاملاً سنجيده شده است.
هر گنبد از داخل و خارج پوششى آراسته دارد و در عين استحكام از وزنى اندك برخوردار است. پوشش درونى گنبد چوب آميخته به نوعى چسب است و نماى بيرون آن از چوب خالص. بر فراز هر گنبد، هلالى برنزى مىدرخشد كه با طلاى 23 قيراط روكش شده است.
ريلهايى كه گنبدها به صورت كشويى روى آنها حركت مىكنند، لبههايى از سنگ مصنوعى محلّى دارد تا با نماى ايوانهاى پيرامون مسجد هماهنگ باشد.
پوشش منارهها
مناره از آغاز يكى از نشانههاى اصلى هر مسجد بوده، و به سان عنصرى بنيادين در مسجدسازى به شمار مىرفته است. در توسعۀ جديد مسجد نبوى نيز، با بهرهگيرى از اين عنصر، شش منارۀ جديد به بلنداى 104 متر برپا شده و چونان نمادى زيبا براى مسجد درآمده است.
بخشهاى پايينى هر مناره، تا ارتفاع سه متر، با قطعاتى از گرانيت محلّى