148سال 940 ه . \1534 م . از مهندس مشرف بر سور خواست كه ترميمات و اصلاحاتى هم در بابالسلام به انجام رساند. ولى اصلاحات مهم در عهد سلطان سليمان قانونى در سال 947 ه . \1540 م . آغاز شد، كه شامل بابالرحمه و بابالنساء بود. مئذنۀ شمال شرقى (السنجاريه) را خراب كردند و به جاى آن مئذنۀ سليمانيه را ساختند. عمق پىِ آن سيزده ذراع بود (هر ذراع 56/6 سانتىمتر برابر با 8/53 متر) و عرض پىِ 7 ذراع در 7 ذراع (معادل 4/59 متر) و در سطح زمين 6 ذراع در 6 ذراع (3/93 متر) بود. بر بابالرحمه و بابالنساء تاريخ بنا و نام سلطان نوشته شد. همچنين ديوارها و ستونها را سفيد كردند و نام سلطان را بر سقف مجاور ديوار غربى نوشتند.
سلطان تمام مصالح بنا را بر پشت اشتران و ديگر چارپايان بفرستاد و جمعى از بنّايان و حجّاران و كندهكاران را، با هرچه هزينۀ كارشان مىشد، روانه داشت. 1
در سال 946 ه . هلالهاى مماليك را، كه سرگنبد شريف و منارهها بود، بركندند و هلالهاى مسين مطلّا به جاى آنها نهادند و يك هلال بر منبر گذاشتند و بر سر هر مناره يك هلال نصب كردند.
محمد خضر گويد: مىگويند طلايى كه براى هلالها مصرف شده بود، از طلاى مسكوك سليمانى هزار و هشتصد دينار بود. 2 و نيز نام مهندسان، مشرفان و ناظران بنا را بر ديوارها، كتيبه كردند.
در 17 ماه محرم سال 948 ه . \13 مه 1541 م . محراب حنفىها را در مكان محراب طوغان شيخ (كه پيش از سال 680 ه . \1455 م . ساخته شده