9رحلت آن حضرت نيز سرپا بود. ابتدا حجره‌اى براى سوده، پس از آن براى عايشه و در امتداد آن حجره‌اى براى حضرت فاطمه عليها السلام ساخته شد. مورّخان نوشته‌اند كه رسول خدا صلى الله عليه و آله در حجره‌اى كه وفات يافت، دفن شد.

مرقد رسول خدا صلى الله عليه و آله در زمان خليفۀ دوّم در اتاق كوچكى قرار داشت و تا زمان توسعۀ مسجد در عهد وليد، به همان شكل باقى بود، در آن زمان كه قسمت شرقى مسجد توسعه يافت مرقد مطهّر نيز در مسجد قرار گرفت.

اكنون محدودۀ حجرۀ طاهره كه مرقد نيز داخل آن قرار دارد 240 متر (16متر طول و 15متر عرض) مساحت دارد كه ضريحى مطلّا در اطراف آن كشيده شده است. در چهار گوشۀ حجرۀ طاهره چهار ستون مستحكم بنا شده است كه گنبد سبزى بر روى آن قرار دارد. اين حجره داراى چند در است. درِ حجرۀ‌فاطمه عليها السلام كه نشانۀ محلّ حجرۀ آن حضرت است. درِ تهجّد در شمال حجره و درِ وفود يا باب الرحمه در جهت غرب و درِ توبه ياباب الرسول در جهت جنوب (قبله).

در حجرۀ طاهره محلّى به عنوان قبر فاطمه عليها السلام با بقعۀ كوچكى مشخص شده و در داخل ضريح جاى گرفته است.

در قسمت جنوبى اين بقعه نيز محراب فاطمه عليها السلام قرار دارد.