254در گذشته، ساختمان بقعه، بسيار كوچك و داراى گنبدى از گچ بود. اما قبل از سال 1970م، ساختمان قبلى خراب شد و بناى بزرگى، شامل ايوان، حرم، گنبد، رواق و صحن، ساخته شد. (تصوير شماره 97)
گنبد بنا، شلجمى بلند، به قطر هشت متر و ارتفاع نزديك به دوازده متر است كه با كاشى‌هاى آبى، تزيين يافته و در ساخت آن، چندين پنجره براى نورگيرى، طراحى شده است. درست زير گنبد، اتاق مرقد به شكل مربع و ابعاد هر ضلع هشت متر، قرار گرفته است و ضريح چوبى ساده‌اى نيز از مرقد محافظت مى‌كند. دو رواق نسبتاً بزرگ در شمال و جنوب اتاق مرقد، طراحى شده كه براى استفاده زائران مرد و زن است.
صحن بقعه، در شرق بنا واقع شده و حجراتى براى اسكان زائران، در آن تعبيه شده است. ايوان در جانب شرق، واقع شده و ارتفاعى حدود شش متر دارد و بالاى در ورودى آن، زيارتنامه سيد عيسى نوشته شده و تاريخ كتابت آن، مربوط به سال 1381ه .ق، است. 1 سيد عبدالرزاق كمونه از قول سيد حسين براقى، مى‌نويسد:
در كوفه، عيسى بن زيد درگذشت... قبرش اكنون در فاصله سه مايلى از قريه شنافيه آشكار است. نزد آل‌شبلى، به نبى عيسى، معروف است و براى آن، كراماتى آشكار است كه سيد حسين براقى در كتابش، ذكر نموده است. 2
زندگى‌نامه عيسى بن زيد
عيسى دومين فرزند زيد بن امام زين‌العابدين(ع) است. لقب او (موتم الاشبال) و كنيه‌اش، ابويحيى و ابوالحسن مى‌باشد. او در ماه محرم سال 109ه .ق، ديده به دنيا گشود و در سال 169ه .ق درگذشت. به هنگام شهادت پدرش، دوازده سال داشت. 3 مادرش،