342در سده چهارم هجرى، مسجد براثا، محل توجه شيعيان بود و آنها در آن مىنشستند و نماز مىخواندند. در سال 313ه .ق - 925 م، به مقتدر عباسى خبر رسيد كه شيعيان در اين مسجد، جمع مىشوند و به صحابه پيامبر، دشنام مىدهند. از اينرو به دستور وى، در يك روز جمعه كه انبوه شيعيان در مسجد مشغول نماز بودند، مسجد با خاك يكسان شد و بسيارى از حاضران، دستگير و زندانى شدند و زمين مسجد، به گورستان پشت آن ملحق گشت.
سپس در سال 328ه .ق - 940 م، به دنبال درخواست شيعيان، «بَجكَم ماكانى»، وزير الراضى خليفه عباسى، دستور بازسازى و توسعه مسجد را صادر كرد. بسيارى از زمينهاى اطراف مسجد، از جمله گورستان نزديك آن، خريدارى شد و با فتواى فقها، قبرهاى بسيارى نبش، و بقاياى اجساد در جايى ديگر، دفن گرديد. در ساختمان مسجد، گچ و آجر به كار رفت و سقف آن از چوب ساجِ منقوش ساخته شد و بر كتيبه مسجد نام الراضى حك گرديد و مردم بار ديگر براى نماز و تبرك بدانجا روى آوردند. 1
به گفته منابع تاريخى، بازسازى مسجد در سال 329ه .ق، به پايان رسيد 2 و با تعيين احمد بن فضل هاشمى، امام جماعت رصافه، به عنوان امام براثا از جانب خليفه، نخستين نماز جمعه در هجدهم همين ماه، با حضور انبوه بغداديان و صاحب شرطه، به صورت رسمى اقامه شد. سپس بعدها به دستور متقى عباسى، منبرى از دوره هارونالرشيد كه در انبار جامع منصور، نگهدارى مىشد، در قبلهگاه مسجد نصب شد. بر كتيبه اين منبر، عبارتى به شرح زير وجود داشت: «ممّا امر به الرشيد سنة اثنتين وتسعين ومائة على يد الفضل بن الربيع»؛ «اين منبر در سال 192ه .ق، به دستور هارون الرشيد و به دست فضل بن ربيع، ساخته شد». 3