286موجود در آن را به غارت بردند. پس از آن، سادات علوى، به ديوان خلافت شكايت كردند و خليفه دستور داد تا جنايتكاران را تأديب كنند و بعضى از اشياى به غارت رفته را بازگردانند. 1 ابنقلانسى نيز به اين حادثه اشاره كرده و گفته است: «مقابر قريش در بغداد، غارت شد و چراغهاى زراندود و پردهها و ابريشمهاى آن، به تاراج رفت». 2
در دو قرن ششم و هفتم هجرى، رود دجله چند بار طغيان كرد و بر اثر آن، سيلابهاى عظيمى در بغداد جارى شد كه به آستان كاظمين نيز آسيبهايى رسيد. از آن طغيانها، مىتوان به طغيان سال 554ه .ق 3، طغيان سال 569ه .ق، كه بر اثر آن، بيشتر ديوارهاى آستان كاظمين، خراب شد 4 و نيز سيل سال 614ه .ق 5، اشاره كرد.
در دوره الظاهر بأمر الله عباسى (خلافت: 622-623ه .ق)، گنبد آستان مقدس كاظمين در آتشسوزى سوخت. ازاينرو الظاهر، بازسازى آن را آغاز كرد. اما پيش از اينكه آن را به پايان برساند، از دنيا رفت و جانشين وى، المستنصر عباسى، كار وى را تكميل كرد. 6 از دوره المستنصر بالله، صندوقچه چوبى قبر امام موسى كاظم(ع) باقى مانده است كه تاريخ آن، سال 624ه .ق، است.
در ماه شوال سال 646ه .ق، رود دجله به علت بارندگى فراوان، طغيان كرد و سيلاب بزرگى به وجود آورد كه در جريان آن، بخشى از ديوارهاى آستان كاظمين، فرو ريخت. 7 اين بارندگىها ادامه يافت و در ماه ذىالحجه همان سال، سيلاب سهمگينترى جارى شد كه تمام بغداد را به زير آب فرو برد و بر اثر آن، حصارها و اتاقهاى اطراف حرم