119در برخى از منابع تاريخى و حديثى اهل‌سنت، تهمت‌هايى نظير دروغگويى و ادعاى نبوت، مهدويت و سخن گفتن با جبرئيل، به مختار نسبت داده شده است و در كتب فرق و مذاهب نيز از نقش وى در شكل‌گيرى فرقه‌اى به نام «كيسانيه»، سخن به ميان آمده است.
مختار ميان شيعه نيز، مخالفانى داشته است كه با استناد به برخى رواياتى كه از ائمه(عليهم السلام) در ذم و قدح مختار وارد شده است، تأييد نشدن وى از سوى ائمه و بنابراين مشروعيت نداشتن قيام وى را نتيجه‌گيرى كرده‌اند. آنچه ديدگاه آنان را تقويت مى‌كند، اين است كه مختار براى تصميم‌گيرى در كارهاى خود، با محمد حنفيه نامه‌نگارى مى‌كرد و قيام خود را نيز با كسب اجازه از وى، آغاز كرد.
اما از سوى ديگر، روايات ديگرى از ائمه(عليهم السلام) نقل شده است كه از اين روايات، تأييد مختار و رضايت آنها از وى، برداشت مى‌شود. وجود اين روايات، باعث شده است كه در طول تاريخ، مختار نزد عموم شيعه، شخصيتى ستودنى باشد و انگيزه وى براى قيام او را خالصانه و تنها با هدف انتقام خون امام حسين(ع) و جزاى قاتلان آن حضرت بدانند.
مزار مختار ثقفى، امروزه در زاويه جنوب غربى حرم مسلم بن عقيل، متصل به ديوار مسجد كوفه قرار دارد. قبر وى، به مرور زمان، از بين رفت و محل آن نامشخص گرديد؛ تا اينكه شيخ عبدالحسين تهرانى، معروف به شيخ العِراقَين، كه از سوى حكومت قاجار به قصد بازسازى عتبات عاليات، به عراق آمده بود، در گوشه‌هاى مسجد كوفه به جست‌وجوى آرامگاه مختار پرداخت تا آن را بازسازى كند. آنها در آغاز در محل دكه بزرگى كه مقابل حرم هانى بن عروه در صحن مسلم بن عقيل و متصل به ديوار مسجد بود، به جست‌وجو پرداختند و آن را حفر كردند. اما نشانه‌هاى حمامى را در آنجا يافتند و مشخص شد كه اينجا، محل قبر مختار نيست. پس از آن، سيد رضا، فرزند سيد محمدمهدى بحرالعلوم به او گفت كه هرگاه پدرش، از گوشه شرقى كنار ديوار مسجد كوفه (محلى كه امروزه به عنوان قبر مختار شناخته مى‌شود) عبور مى‌كرد، مى‌گفت: «براى مختار سوره فاتحه بخوانيم».