548ورودى، سالن مسجدالحرام، سالن كعبه مشرفه، سالن تصوير، سالن نسخه‌هاى خطى، سالن مسجدالنبى و سالن زمزم است.
اين موزه همچنين داراى هفت بخش است:
بخش نخست: نماد (ماكت) مسجدالحرام؛
بخش دوم: پلكان ورودى كعبه، تاج منبر، مقصوره و ستون‌هاى مقام ابراهيم(ع)؛
بخش سوم: قطعات پرده، در كعبه و ستون داخلى آن؛
بخش چهارم: تعدادى از كتيبه‌هاى مسجدالحرام و تعدادى از عكس‌هاى مسجدالنبى؛
بخش پنجم: تصاوير و برخى قرآن‌هاى قديمى و عكس‌هايى از كتابخانه‌هاى حرمين شريفين؛
بخش ششم: نماد (ماكت) مسجدالنبى و باب مجيديه؛
بخش هفتم: برخى متعلقات چاه زمزم.
قديمى‌ترين اثر موجود در اين موزه ستون چوبى است كه در سال 65 هجرى قمرى (4 سال بعد از واقعه كربلا) در زمان خلافت عبدالله بن زبير درون كعبه نصب شده بود. كهن‌ترين اثر مربوط به مسجدالنبى نيز منبر اين مسجد است كه در سال 969 هجرى شمسى بر روى آن نصب گرديده بود.
مساحت مسجدالحرام در زمان پيامبر خدا(ص) 2100 متر مربع (تا حدود هفت متر بعد از مقام) بوده كه در طول تاريخ اسلام، زيربناى آن، به366/168 متر مربع افزايش يافته است. وضعيت كنونى مسجدالحرام (صحن و شبستان‌هاى آن) و نيز زيرزمين زمزم، در اين نماد قابل مشاهده است.
از مواردى كه مى‌توان آن را در كنار اين نماد بيان كرد، محدوده خانه حضرت خديجه(ع) در فضاى مقابل مسعى، حد فاصل باب‌النبى و باب‌السلام است.