115سيد مصطفى از نظر علمى در سطح بالايى قرار داشت و در مدت عمر كوتاهش توانست هفده جلد كتاب تأليف كند كه يكى از آنها «تفسير القرآن الكريم» است كه ناتمام ماند. وى خصوصيات ارزنده زيادى داشت كه مهم‌ترين آن عشق به امام حسين(ع) بود. محمدحسن رحيميان در اين باره مى‌گويد:
يكى از خصوصيات حاج آقا مصطفى اين بود كه ايشان مقيد به پياده‌روى از نجف به كربلا در تمام زيارت‌هاى مخصوصه امام حسين(ع) بود. در سال، معمولاً «15 شعبان، عرفه، اربعين و نيمه رجب» كه مردم نجف پياده به كربلا مى‌رفتند، ايشان هر سال در چند مناسبت پياده به كربلا مى‌رفت. گاهى مى‌شد كه كف پاى او تاول‌هايى مى‌زد كه خونابه از آن راه مى‌افتاد و كاملاً مجروح مى‌شد؛ ولى باز هم به راه رفتن ادامه مى‌داد. 1
مقام معظم رهبرى ضمن ستايش از سيد مصطفى درباره ايشان مى‌فرمايد:
مرحوم سيد مصطفى خمينى، يكى از شخصيت‌هاى بالقوه و بالفعل اسلام بود. روزى كه ايشان شهيد شدند، در حدود سنين 47 يا 48 سالگى بودند و در آن سن جزو ممتازين كسانى بود كه در حوزه علميه قم، نجف و مشهد ... وجود داشت. بنده ايشان را به عنوان يك چهره برجسته حوزه علميه قم از سال‌هاى قبل مى‌شناختم.
رژيم شاه كه مى‌خواست ضربه روحى به امام وارد سازد و هم يكى از اركان انقلاب را از ميان ببرد، در 56/8/1 او را توسط زهر به شهادت رساند. مردم مسلمان نجف پيكر پاكش را با آب فرات غسل داده، در محل خيمه‌گاه امام‌حسين(ع) كفن كرده و پس از انتقال به نجف، در حرم مطهر امام على(ع) در مقبره، زير گلدسته جنوبى در ايوان طلا به خاك سپردند. 2