106اشرف هجرت كرد. وى در آنجا فقه و علوم نقلى را از محضر سيدعلى صائغ و فلسفه را از جمال‌الدين محمود فراگرفت.
مقدس اردبيلى به قدرى متقى و پرهيزكار بود كه به «مقدس» ملقب گشت. علامه مجلسى درباره او مى‌گويد:
محقق اردبيلى در قداست نفس و تقوا و زهد و فضل، به مقام نهايى رسيد و در ميان عالمان متقدم و متأخر شخصيت بزرگى چون او را سراغ ندارم. كتب او داراى بالاترين مراتب دقت نظر و تحقيق است.
شاه عباس صفوى بسيار به او علاقه‌مند بود و از او دعوت كرد به اصفهان برود، ولى او نپذيرفت و در نجف ماندگار شد و به سروسامان دادن حوزه علميه نجف پرداخت. سيدحسن صدر درباره نقش مقدس اردبيلى درباره احياى دوباره حوزه نجف مى‌نويسد:
در زمان مقدس اردبيلى، دوباره كوچ علمى به نجف آغاز شد. حوزه تقويت يافت و مردم از اطراف و ديگر شهرها و بلاد، به آنجا روى آوردند و آن شهر به صورت بزرگترين مركز علمى درآمد.
از عادات مقدس اردبيلى اين بود كه به هيچ عنوان از هيچ كس تملق و چاپلوسى نمى‌كرد. در سالى از سال‌ها شخصى از اصفهان به نجف آمد و از مقدس اردبيلى خواهش كرد كه واسطه شود تا شاه از تقصير او بگذرد، مقدس اردبيلى براى او نوشت:
بانى ملك عاريت، عباس! بدان كه اگر چه اين مرد اول ظالم بود، اكنون مظلوم مى‌نمايد؛ چنان‌كه از تقصير او بگذرى، شايد حق تعالى از پاره‌اى تقصيرات تو بگذرد. بنده شاه ولايت، احمد اردبيلى.
همان‌طور كه از متن نامه مشخص‌است، او حتى يك كلمه از شاه تمجيد نكرده است. وى در سال 993 ه.ق در نجف اشرف ديده از جهان فروبست و در