16در زمان سلطنت «شاه اسماعيل صفوى»، به منظور زيارت «حضرت ثامن الحجج عليه السلام »، به «ايران» مسافرت كرد و اين پادشاه در اعزاز و اكرام وى كوشيده، او را به توقف در «ايران» الزام كرد و متصدّى امور شرعى اردوى خود گردانيد.
«مير سيد حسين» در زمان «شاه طهماسب»، با صبيّۀ علاّمۀ ربانى، «مرحوم محقق ثانى» (شيخ على كركى) ازدواج مى‌كند و از وى صاحب پنج پسر و يك دختر مى‌شود:
- فرزند ارشد «خاتم المجتهدين»، «ميرزا حبيب‌اللّٰه» است كه از طرف «شاه طهماسب صفوى»، به توليت آستانه «حضرت معصومه عليها السلام » منصوب مى‌گردد و از آن روز، عمران آستانه و تشكيلات داخلى آن آغاز و اين منصب در خاندان ايشان ماندگار مى‌شود.
- فرزند دوم او، «مير سيد محمد» بوده كه پس از درگذشت پدر به قضاوت عسكر و تصدّى امور شرعى اردوى شاه منصوب و در «اصفهان» مقيم مى‌شود. يكى از پسران «مير سيد محمد»، به نام «ميرزا نظام‌الدين على»، فرزندى به نام «ميرزا ابراهيم» داشته، كه شيخ‌الاسلام رى و متولّى بقعۀ منورهّ «حضرت عبدالعظيم عليه السلام » مى‌شود.
- فرزند سوّمش، «ميرزا شيخ عبدالعال» بوده كه از طرف «شاه طهماسب» به سمت شيخ الاسلام شهر «قزوين» منصوب مى‌شود.
- فرزند چهارم «مير سيد احمد» است كه به توليت مزار «شيخ صفى‌الدين» در «اردبيل» منصوب مى‌شود.
- و پنجمين فرزند وى به نام «ميرزا تقى‌الدين محمد» بوده كه از حالاتش اطلاعى در دست نيست. 1