200جنوب مكه به راه افتاد. طبعا آن حضرت براى رفتن به يثرب مى‌بايست به شمال مكه مى‌رفت اما براى گمراه كردن مشركان، راه جنوب را برگزيد و به كوه ثور رسيد. آن حضرت، به همراه ابوبكر وارد غار ثور شد و مدت سه روز در آن مخفى بود. مشركان تا نزديكى غار ثور آمدند، اما به اعجاز الهى، عنكبوتان تارهايى را بر درِ غار تنيدند تا مشركان را از رفتن به درون آن منصرف كنند؛ چرا كه آنان با ديدن تارهاى عنكبوت تصور كردند كسى وارد غار نشده است! خداوند در قرآن از اين غار ياد كرده است:

(إِلاّٰ تَنْصُرُوهُ فَقَدْ نَصَرَهُ اللّٰهُ إِذْ أَخْرَجَهُ الَّذِينَ كَفَرُوا ثٰانِيَ اثْنَيْنِ إِذْ هُمٰا فِي الْغٰارِ إِذْ يَقُولُ لِصٰاحِبِهِ لاٰ تَحْزَنْ إِنَّ اللّٰهَ مَعَنٰا فَأَنْزَلَ اللّٰهُ سَكِينَتَهُ عَلَيْهِ وَ أَيَّدَهُ بِجُنُودٍ لَمْ تَرَوْهٰا...) ¹

«اگر او [پيامبر] را يارى ندهيد، [بدانيد كه] خداوند او را هنگامى كه كافران آواره‌اش ساختند، يارى داد، آنگاه كه يكى از آن دو به هنگامى كه در غار بودند، به همراهش [ابوبكر] گفت: نگران مباش كه خدا با ماست. آنگاه خداوند آرامش خودش را بر او نازل كرد و به سپاهيانى كه نمى‌ديديد شما، يارى داد.»

كوه ثور در ميان چند خيابان، با نامهاى خيابان ثور، جاده طائف و جاده كدّى قرار گرفته و در پايين مكه قرار دارد. بيشتر مسير كوه به سمت غار، به صورت نوعى پله‌كان براى مشتاقان صعود آماده شده است كه به طور طبيعى زمانى حدود 1/5 ساعت را براى رسيدن به غار طلب مى‌كند. خود غار نيز دو مسير ورودى و خروجى دارد كه به احتمال مسير اصلى آن سمت قبله بوده و مسير پشتى آن كه از آنجا وارد غار مى‌شوند، بعدها درست شده است. محدوده داخلى آن هم چند نفر مى‌توانند بنشينند و دست كم دو تا سه نفر مى‌توانند نماز نشسته به جاى آورند. در نزديكى