203الخراساني للبحث في المسائل المشكلة.
و استقل بعد وفاة الخراساني بالبحث و التدريس فأبدى مقدرة و كفاءة عالية.
و ذاع صيته بعد وفاة المرجعين الكبيرين: الميرزا محمد تقى الشيرازي (1338 ه) و شيخ الشريعة الاصفهاني (1339 ه)، و اتجهت انظار المقلدين اليه و الى السيد ابوالحسن الاصفهاني حتى استقامت لهما الرئاسة العلمية في العراق بل انحصرت فيها.
و لما وقع العراق تحت سيطرة الانجليز بعد الحرب العالمية الاولى، و اقيم الملك فيصل ملكاً على العراق، و ارادو تشكيل مجلس تأسيسى، دعا الميرزا النائيني، مع سائر كبار الفقهاء الى مقاطعة انتخابات المجلس و ازالة أية سلطة أجنبية عن الحكومة العراقية، مما حدا بالحكومة الى ابعاده الى ايران في اواخر سنة 1341 ه 1 فأقام في قم مدة، تصدى خلالها للبحث و التدريس، ثم عاد الى العراق.
و كان الميرزا النائيني ماهراً في اصول الفقه محققاً فيه، و له فيه آراء مبتكرة.
حضر بحثه ثلة من العلماء، أبرزهم، السيد جمال الدين بن حسين الگلپايگاني، و موسى الخوانسارى، و محمد علي الجمالى الكاظمي و حسين بن على الحلي، و السيد محمود الشاهرودي و السيد ابوالقاسم الخويي، و السيد حسن البجنوردي، و الميرزا باقر الزنجاني و السيد على نقى التقوي. و السيد نور الدين الحسينى الشيرازي.
و له مؤلفاته فيمة، منها: حاشية على «العروة الوثقى» في الفقه، رسالة فتوائيه، رسالة في اللباس المشكوك، رسالة في احكام الخلل في الصلاة، أجوبة مسائل المستفتين رسالة في التعبدى و التوصلى، رسالة في المعانى الحرفية، رسالة في