102حسين كتابدار مى‌گويد بخشى از بناى عضد الدوله تا سال 1041ه ق هنوز پابرجا بوده است.
در سال 760ه ق سلطان اويس بن حسن جلايرى آن را بازسازى كرد.
شاه عباس كبير در دوران پادشاهى خود و تحت نظر شيخ بهائى اقدام به بازسازى روضه،گنبد وصحن شريف نمود.
در سال 1047ه ق شاه صفى صفوى، نواده شاه عباس، مرقد مطهر را مجدداً بازسازى كرده وآن را توسعه داد و پس از درگذشت او در سال 1052ه ق، پسرش شاه عباس دوم كار پدر را ادامه داده وآن را به اتمام رساند.
در سال1155ه ق نادر شاه افشار در سفرى به عتبات عاليات دستور تعمير و بازسازى خرابى‌ها را داده و او اولين كسى است كه دستور داد گنبد حرم مطهر طلا آذين شود.
در سال1204ه ق، محمد خان پسر حسن خان قاجار مؤسس سلسلۀ قاجار ضريحى از نقره ساخت و فرستاد كه بر روى قبر مطهر نهاده شد.
در سال1217ه ق بعلت حملات مكرر وهابى‌ها به شهرهاى نجف و كربلا، دورتادور شهر نجف بارويى كشيده شد كه آثار برجاى ماندۀ آن تا سال1385ه ق همچنان پابرجا بود.
در سال1220 وهابى‌ها به رهبرى خاندان آل سعود به شهرهاى نجف وكربلا حمله كردند و طلاها ونقره‌هاى موجود در حرم مطهر حضرت على(ع)را غارت كردند.