90ايوبى را به پادشاهى انتخاب كردند و وى در شهر دمشق مستقر شده و جنگ‌هاى زيادى با صليبى‌ها نمود و عاقبت نيز در همين شهر درگذشته و مدفون گرديد. پس از درگذشت صلاح‌الدين، جانشينى به الملك‌العادل رسيد و پس از وى بين فرزندان وى اختلاف افتاد و آخرين پادشاه ايوبى كه توران شاه نام داشت در سال 648 قمرى (1250 م.) به قتل رسيد و دمشق پس از وى دچار ناآرامى و هرج ومرج گرديد و به همين علت مغول‌ها به رهبرى هلاكو در سال 658 قمرى (1259 م.) به دمشق حمله كردند و اهالى شهر دروازه‌ها را بسته و به درون باروى شهر پناه بردند و شهر دمشق به مدت يك ماه در برابر حمله مغول‌ها مقاومت كرد ولى عاقبت توانستند كه اين شهر را تصرف كنند، اما چندى نپاييد كه يكى از پادشاهان مماليك به نام سلطان مظفر قطز موفق شد آنان را در نبرد عين جالوت شكست داده و عقب براند و بدين‌گونه بود كه مماليك بر دمشق و سرزمين شام چيره شدند و در دوران آنان شهر دمشق توسعه و آبادانى فراوانى يافت و مساجد و مدارس و بيمارستان‌هاى متعدد در آن ساخته شد كه بسيارى از اين اماكن تاريخى تا روزگار ما برجاى مانده است.

دولت مماليك عاقبت با حمله سلطان عثمانى سليم اول در سال 922 قمرى (1516 م). از بين رفته و شهر دمشق به همراهى سرزمين شام به مدت پانصد سال به عنوان يكى از ولايات عثمانى به شمار مى‌رفت. دردوران حكومت عثمانى برخى از واليان شام افراد صالح و درستكارى بودند كه در دوره حكمرانى آنان شهر دمشق شاهد شكوفايى خاصى بود كه از جمله اين حكمرانان مى‌توان از ناظم پاشا، مدحت پاشا و اسعد پاشا نام برد. در سال 1914 م. تركيه عثمانى درگير جنگ اول جهانى شد و در همين اثنا حركت ملى‌گرايانه عربى در دمشق فعال شد، اما دولت عثمانى به شدت با آن برخورد كرده و در روز ششم مى 1916 دولت عثمانى رهبران اين حركت را دستگير نموده و در ميدان مرجه دمشق اعدام كرد و از همان روز اين ميدان به نام ميدان شهدا معروف گرديد. در دهم ژوئن 1916 م. انقلاب ملى گرايانه سوريه برعليه عثمانى شعله ور گرديد و در اول اكتبر 1918 م. شبه نظاميان سوريه وارد دمشق شدند و عثمانى‌ها را از آن جا بيرون كردند و